###从NCBI下载基因组(DNA)/转录组(RNA)测序数据到获得预测基因的处理步骤(以Nyctotherus_ovalis物种为例,见/home/Data_01/yizhenzhen06/public_share/Saccharomyces_cerevisiae_DNA。如果没有注明仅基因组数据要做,其他步骤基因组和转录组步骤一样。直接写在本文件里的美丽表示可以直接终端运行指令,其他指令要提交pbs任务运行。 screen -S ncbi_dl #screen命令创建一个新的窗口(这里窗口命名为ncbi_dl)用来下载原始测序数据 wget -c -b -i species_name_urls.txt #NCBI下载每个物种相应所有原始数据至服务器,species_name_urls.txt包括SRA数据的urls链接 #命令运行成功后,按下组合键ctrl+A+D退出当前窗口 screen -r ncbi_dl #返回ncbi_dl窗口,查看下载进度 :fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files SRR10355986.1 #RNA数据转换数据格式为左右两端read文件 :fastq-dump --split-files SRR10355986.1 #DNA数据转换数据格式为左右两端read文件